Untuk mencapai tujuan yang dimaksud Pondok Pesantren Nurul Hakim mendirikan Lembaga Pendidikan Madrasy dan Salafy dan lembaga-lembaga lainnya.
1. Taman Kanak-kanak/Raudatul Athfal.
Berdiri tanggal 5 Oktober 1988, status terdaftar
TK/RA Nurul Hakim, disamping kurikulum pemerintah juga mengembangkan dan menerapkan kurikulum pesantren yang disesuaikan dengan usia anak didik, selain ruang belajar yang memadai TK Nurul Hakim juga menyiapkan fasilitas bermain dan fasilitas pendidikan yang cukup memadai.
2.Madrasah Ibtida’yah.
Berdiri tanggal 3 Oktober 1979, status disamakan.
Kurikulum yang berlaku di Madrasah Ibtidaiyah adalah Kurikulum yang telah ditetapkan oleh pemerintah yang telah dikembangkan dan diperkaya dengan Kurikulum pesantren khususnya bidang keagamaan. Disamping kegiatan-kegiatan kurikuler, kegiatan ekstrakurikuler juga dikembangkan seperti keterampilan kepramukaan, latihan pidato, pengajian kitab-kitab dasar, kursus bahasa arab dan UKS. Kegiatan-kegiatan tersebut dilaksanakan secara aktif dengan mujahadah yang tinggi oleh siswa-siswi di bawah bimbingan tenaga pendidik alhamdulillah mujahadah dan keikhlasan yang tinggi dalam pengabdian telah menghasilkan prestasi yang baik diberbagai bidang, seperti juara I UKS tingkat Lombok Barat dan juara II tingkat propinsi dan bidang kegiatan lainnya dan Al Hamdulillah pada tahun 1997 Madrasah Ibtidaiyah telah mendapat status disamakan.
3. Madrasah Tsanawiyah Putra dan Putri.
Berdiri pada tahun 1972 dan masing- masing Madrasah Tsanawiyah Putra dan Putri telah mendapat status Disamakan sejak tanggal 19 Januari 1997. Kurikulum yang berlaku di tsanawiyah Putra dan Putri adalah kurikulum pemrintah yang diperkaya dengan kurikulum pesantren yang berupa pendidikan kutub Mu’tabarah setandar pada mazhab Syafi’i dan pendidikan Bahasa Arab dan Inggis dengan mengikuti metode yang dikembangkan di Podok Modern Gontor dan Lembaga Pengembangan Bahasa Arab-LIPIA di Jakarta.
4. Madrasah Aliyah Putra dan Putri.
Berdiri pada tahun 1977, sebagaimana Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah telah memisahkan rombongan belajar Putra dan Putri dan berkat administrasi pendidikan yang baik didukung oleh tenaga-tenaga ahli dan pasilitas pendidikan yang memadai, Madrasah Aliyah Putra dan Putri serta siswa siswinya dan mencapai perestasi-perestasi yang membanggakan. Secara kelembagaan Madrasah Aliyah Putra dan Putri sudah mendapat status Disamakan, Siswa-Siswinya berprestasi dalam kegiatan tingkatdaerah dan nasinal. Alumninya dapat melanjutkan dan berperestasi tidak saja di STAIN tapi juga di Fakultas umum pada perguruan tinggi umum negri dan swasta. Seperti UNRAM, UNDIP Semarang, IKIP Malang dan perguruan tinggi umum swasta di Bandung, Jakarta dan Surabaya. Sejak tahun 1981 alumni Aliyah Nurul Hakim telah diterima di Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab Saudi di Jakarta dan tingkat I’dadi sampai dengan tingkat Perguruan Tinggi, sejak tahun 1994 alumni Aliyah Putra Nurul Hakim telah dapat melanjutkan belajar di Jami’ah Islamiyah Madinah Almunawwarah di Fakultas Syare’ah dan Hadits dan di Al Azhar Mesir, selain yang melanjutkan studynya ke perguruan tinggi, tamatan Nurul Hakim tidak sedikit yang mengabdi di masyarakat sebagai da’i di daerah terpencil, guru di Masjid, pondok pesantren bahkan sudah banyak yang menjadi pimpinan pesantren, selain itu tidak sedikit dari mereka yang bergelut di bidang usaha dan pertanian, mengembangkan keterampilan yang sudah didapatkan di pesantren, Madrasah Aliyah Putra dan Putri memiliki tiga jurusan : yaitu IPA, IPS dan Bahasa dan sesuai dengan program pemerintah yang sudah ditetapkan maka Madarasah Aliyah Putra mendirikan Madrasah Aliyah Program Keterampilan yang terdiri dari tiga jurusan yaitu : Jahit-menjahit, Pertnian Terpadu dan Las dan Elektro
5. Ma’had Aly Darul Hikmah.
Berdiri pada tahun 1990, telah mengeluarkan Almuni sebanyak 6 kali angkatan yang telah mengabdui di masyarakat sebagai guru, Da’i dan pimpinan pesantren. Sebagai salah satu ikhtiar dalam kaderisasi ulama/Tuan Guru yang faqih fiddin, mukhlis dan bijaksana dalam jihad Da’wah dan jujur dalam beragama. Kegiatan belajar berlangsung selama 3 tahun dengan kurikulum yang ditetapkan pesantren dengan bidang kajian : (1) Bahasa Arab dan ilmu Bahasa Arab (2) Fiqih syafi’i dan fiqih maqarin dan ushul ifiqh (3) tafsir dan ilmu tafsir (4) Hadits dan Hadist ahkam (5) ayat ahkam (6) tauhid (7) At Tarbiytah Islamiyah (8) Metode da’wah (9) Gazwul fikri dan al firaq al haddamah (mantiq) tenaga pengajar adalah bapak-bapak tuan guru senior yang dibantu oleh tenaga muda alumni universitas Imam Malik bin su’ud Saudi Arabia
6. Sekolah Tinggi Agama Islam ( STAI NH )
Dengan program study :
7. Bagian Al-Ulum Al- Islamiyah dan Bahsa Arab.
Diantara faktor yang mendorong untuk dapat menguasai ilmu agama islam dengan baik dan benar adalah bahasa arab. Ini adalah juga kunci untuk mengembangkan keilmuan dan profesi dalam segala bidang. Progam pengajaran bahasa khususnya bahsa arab di Pondok Pesantren dimaksud untuk mencapai dua tujun yang di maksud. Maka kurikulum dan kegiatan ekstrakurikuler dititik beratkan pada pengembangan kemampuan berbahasa dengan baik, kemanpuan membaca, menulis, berbicara, serta menterjemahkan. Kemudian pada tingkat Aliyah diharpkan kemanpuan yang sudah ada bisa menghantarkan mereka untuk dapat menjadikan bahasa sebagai alat untuk memperluas dan mengembangkan keilmuan agama islam ( Al Kutub Al Mu’tabarah ) yang merupakan kegiatan pendidikan inti di Pondok Pesantren Nurul Hakim yang dilaksanakan dengan kurikulum dan manajemen yang tersusun rapi dengan alokasi waktu yang memadai.
Kitab-kitab yang dikaji adalah kitab-kitab standar mazhab syafi’i ( Fiqh ) dan kitab-kitab standar pada kajian lainnya seperti : tauhid, siroh, tafsir, Qur’an, Tajwid, Hadist dibawah asuah dan bimbingan bapak-bapak Tuan guru yang dibantu oleh asatiz dan ustazat. Pengajian Dilaksanakan diluar jam madrasah didalam asrama dan kediaman bapak-bapak Tuan guru. Untuk mengevaluasi kemampuan santri terhadap penguasaan kitab-kitab yang dikaji diadakanlah ujin setiap semester. Ujian tersebut disamping untuk evaluasi juga untuk memberikan dorongan agar para santi mencintai dan gemar membaca kitab sebagai bekal untuk hidup di masyarakat.
8. Progam Pendidikan Khusus ( Kulliyatul Mu’allimin Wal Mu’allimat Al Isalmiyah-KMMI).
Merupakan salah satu terobosan usaha pendidkan pesantren untuk mencapai hasil yang lebih mendekati kesempurnaan di bidang ilmu pengetahuan dan ilmu-ilmu agama islam. Kurikulum pendidikan merupakan perpaduan antara kurikulum yang berlaku di sekolah-sekolah di bawh naungan DIKNAS, DEPAG, Pesantren Nurul Hakim dan KMI Pondok Modern Gontor dan sekolah-sekolah menengah yang ada di Timur Tengah. Dengan alokasi waktu belajar yang lebih banyak dngan system Full Days School. MIPA, Bahasa Arab, Bahasa Inggris, Ilmu-ilmu agama Isalam merupakan program inti yang sangat diutamakan disamping kegiatan ekstara lainnya. Santri/santriwati yang bisa masuk ke Program Pendidikan Khusus adalah calon santri yang telah lulus masuk ujian pesantren dan memiliki NEM SD diatas 32 serta lulus pada ujian seleksi dengan menyetujui persyaratan-persyaratan yang sudah ditentukan seperti kesiapan belajar selama 6 tahun ( MTs dan MA ).