Madrasah Aliyah telah memisahkan rombongan belajar Putra dan Putri dan berkat administrasi pendidikan yang baik didukung oleh tenaga-tenaga ahli dan pasilitas pendidikan yang memadai, Madrasah Aliyah Putra dan Putri serta siswa siswinya dan mencapai perestasi-perestasi yang membanggakan. Secara kelembagaan Madrasah Aliyah Putra dan Putri sudah mendapat status Disamakan, Siswa-Siswinya berprestasi dalam kegiatan tingkatdaerah dan nasinal. Alumninya dapat melanjutkan dan berperestasi tidak saja di STAIN tapi juga di Fakultas umum pada perguruan tinggi umum negri dan swasta. Seperti UNRAM, UNDIP Semarang, IKIP Malang dan perguruan tinggi umum swasta di Bandung, Jakarta dan Surabaya. Sejak tahun 1981 alumni Aliyah Nurul Hakim telah diterima di Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab Saudi di Jakarta dan tingkat I’dadi sampai dengan tingkat Perguruan Tinggi, sejak tahun 1994 alumni Aliyah Putra Nurul Hakim telah dapat melanjutkan belajar di Jami’ah Islamiyah Madinah Almunawwarah di Fakultas Syare’ah dan Hadits dan di Al Azhar Mesir, selain yang melanjutkan studynya ke perguruan tinggi, tamatan Nurul Hakim tidak sedikit yang mengabdi di masyarakat sebagai da’i di daerah terpencil, guru di Masjid, pondok pesantren bahkan sudah banyak yang menjadi pimpinan pesantren, selain itu tidak sedikit dari mereka yang bergelut di bidang usaha dan pertanian, mengembangkan keterampilan yang sudah didapatkan di pesantren, Madrasah Aliyah Putra dan Putri memiliki tiga jurusan : yaitu IPA, IPS dan Bahasa dan sesuai dengan program pemerintah yang sudah ditetapkan maka Madarasah Aliyah Putra mendirikan Madrasah Aliyah Program Keterampilan yang terdiri dari tiga jurusan yaitu : Jahit-menjahit, Pertnian Terpadu dan Las dan Elektro.
